Τα πρόσθετα τροφίμων μπορούν να μεταβολιστούν στο ανθρώπινο σώμα, αλλά ο συγκεκριμένος μεταβολισμός εξαρτάται από πολλούς παράγοντες.
Τα πρόσθετα των τροφίμων περιλαμβάνουν κυρίως συντηρητικά, σκληρυντικά, αρωματικούς παράγοντες κλπ. Εάν το περιεχόμενο των προσθέτων τροφίμων στα τρόφιμα είναι εντός του προβλεπόμενου εύρους και μόνο μια μικρή ποσότητα απορροφάται, μπορεί συνήθως να εκκρίνεται από το σώμα μέσω της ανθρώπινης απορρόφησης και της πέψης και γενικά δεν προκαλεί προφανή βλάβη. Ωστόσο, εάν το περιεχόμενο των προσθέτων τροφίμων στα τρόφιμα είναι πάρα πολύ και υπερβαίνει το καθορισμένο εύρος, η μακροχρόνια πρόσληψη μπορεί να προκαλέσει βλάβη σε πολλαπλά όργανα όπως το ήπαρ και τα νεφρά.
Ο χρόνος μεταβολισμού των προσθέτων τροφίμων ποικίλλει ανάλογα με τον τύπο, τη δόση και την ατομική κατάσταση υγείας. Τα φυσικά πρόσθετα όπως η βιταμίνη C εκκρίνονται εύκολα γρήγορα μέσω των υδατοδιαλυτών οδών, ενώ τα συνθετικά πρόσθετα μπορεί να διαρκέσουν περισσότερο για να μεταβολιστούν. Η υγεία του πεπτικού συστήματος, η ηπατική λειτουργία και οι μεμονωμένες διαφορές (όπως η ηλικία, το φύλο, οι γενετικοί παράγοντες κ.λπ.) θα επηρεάσουν τον μεταβολικό ρυθμό. Για παράδειγμα, τα άτομα με φυσιολογική ηπατική λειτουργία μπορούν συνήθως να μεταβολίζουν τα περισσότερα πρόσθετα τροφίμων πιο γρήγορα, ενώ η μη φυσιολογική ηπατική λειτουργία μπορεί να οδηγήσει σε βραδύτερο μεταβολισμό. Επιπλέον, οι υψηλές δόσεις προσθέτων τροφίμων μπορεί να διαρκέσουν περισσότερο για να μεταβληθούν πλήρως και να αυξήσουν το βάρος στο σώμα.
Μερικοί τύποι προσθέτων τροφίμων μπορεί να μην μεταβολίζονται πλήρως στο ανθρώπινο σώμα. Για παράδειγμα, τα τεχνητά γλυκαντικά όπως η ασπαρτάμη και η σακχαρίνη γενικά δεν μεταβολίζονται σε ενέργεια και η υπερβολική πρόσληψη μπορεί να προκαλέσει γαστρεντερική δυσφορία σε μερικούς ανθρώπους. Τα συντηρητικά όπως το βενζοϊκό νάτριο και το σορβικό κάλιο δεν αφομοιώνονται και απορροφώνται στο ανθρώπινο σώμα και η υπερβολική πρόσληψη μπορεί να προκαλέσει γαστρεντερική δυσφορία σε μερικούς ανθρώπους. Τα συνθετικά χρωματικά όπως το τρυγικό και το carmine είναι ως επί το πλείστον δύσκολο να σπάσει από το ανθρώπινο σώμα και μπορεί να προκαλέσει αλλεργικές αντιδράσεις ή αλλαγές συμπεριφοράς, ειδικά στα παιδιά.